O Sistema Vulcânico Fissural do Congro situa-se na zona centro-leste da ilha de S. Miguel e ocupa toda a área que separa o Vulcão Água de Pau do Vulcão Furnas, sendo constituído por cones de escórias e escoadas lávicas associadas, para além de alguns maars (s.l) e domos.
A história eruptiva deste sistema vulcânico é dominada por erupções fissurais basálticas, havaianas e estrombolianas, geradas ao longo de fissuras eruptivas com direcções dominantes WNW-ESE e NW-SE. Os produtos vulcânicos de tais erupções encontram-se cobertos por espessos depósitos de queda de cinzas e pedra pomes emitidos pelos vulcões centrais adjacentes. Nos últimos 5.000 anos evidencia apenas a ocorrência de um episódio eruptivo freatomagmático, de natureza traquítica, datado de há 3.800± 400 anos B.P., que originou o maar em cuja cratera se localiza a Lagoa do Congro.
Apesar de ser o sistema vulcânico activo de S. Miguel que manifesta a mais reduzida actividade eruptiva recente, é nele que se desenvolvem com maior frequência importantes crises sísmicas, de natureza tectónica e vulcano-tectónica.